Okres, w którym Jan Zamoyski studiował w Padwie, będzie miał wpływ na jego całe życie. Umiejętności i wiedzę jakie tam zdobył wykorzysta w czasie swej służby na dworze królów polskich – Zygmunta Augusta i Stefana Batorego. Renesansowe idee staną się również dla Zamoyskiego inspiracją do budowy miasta idealnego. Chociaż przed udaniem się na studia do Italii przebywał na dworze francuskim, wysłany tam przez ojca dla zdobywania szlifów niezbędnych do służby dworskiej, to jednak bardzo szybko przekonał się, że to nie jest jego miejsce. Dlatego też, kilka miesięcy później, udał się do Padwy, aby podjąć studia w jednym z najsłynniejszych i najstarszych uniwersytetów w Europie. Ukończenie go dawało duże szanse na rozpoczęcie wielkiej kariery. W momencie podjęcia studiów Zamoyski miał tylko 19 lat, ale mimo tak młodego wieku, miał już wizję swojej przyszłości.
W tym okresie uczelnia w Padwie była jednym z najbardziej cenionych uniwersytetów. Przed Zamoyskim studiowało tam również wielu znanych Polaków: Klemens Janicki, Łukasz Górnicki, Jan Kochanowski czy Mikołaj Kopernik. Wykładali w padewskiej Alma Mater najlepsi profesorowie tej epoki – Francesco Robortello, znawca i badacz Arystotelesa, komentator jego Poetyki, wybitny nauczyciel filozofii i retoryki. Carlo Sigonio ( Sygoniusz) wybitny znawca prawa rzymskiego, komentator Cycerona, uczestnik słynnego sporu literacko – naukowego z Robortellem. Padwa była miejscem niezwykłym, przesiąkniętym atmosferą ciekawości i pasji do starożytności. Tutaj narodziło się wiele przewodnich myśli renesansowych, tutaj z zapałem studiowano odkryte dla potomności listy Cycerona, dyskutowano z pasją o jego dziełach. Pisać jak Cycero, mówić jak Cyceron a nawet cierpieć jak on, to były tematy wielu uniwersyteckich dyskusji i sporów.
Młody Zamoyski chciał wykorzystać w jak największym stopniu to, co uniwersytet mu oferował. Dlatego też, pomimo że dołączył do wydziału prawa i nauk wyzwolonych – kierunek ten łączył filologię, teologię, przyrodę, filozofię i medycynę, chętnie uczęszczał na wykłady innych nauczycieli. W czasie swojego pobytu, uczył się pod okiem największych profesorów swojego stulecia. Uczęszczał na wykłady Carla Sigoniusa, który stał się jednym z jego najbliższych przyjaciół i mentorem podczas pobytu w Padwie. Profesor wspierał go swoją wiedzą i doświadczeniem. Pomógł również swojemu studentowi w redagowaniu dzieła “De senatu Romano libri II”. Zamoyski opisał w nim urząd senatora, jego funkcje, strukturę, zadania i obowiązki. Temat, który wybrał nie był przypadkowy. Z jednej strony może wydawać się, że młodzieniec został po prostu zainspirowany pracą Sygoniusza “De antiquo iure civium Romanorum libri II”. Jednak za motywem powstania jego pracy może kryć się jeszcze jeden powód. Mianowicie Zamoyski wiedział, że podczas pisania swoich ksiąg może zdobyć wiedzę, która będzie użyteczna w przyszłości, dla rozwoju jego kariery politycznej w Polsce. Kolejnym celem jaki chciał osiągnąć przez napisanie tej książki, było stworzenie podręcznika dla tych, którzy będą w przyszłości rządzić Polską. Wskazówki zawarte w dziele były skierowane do wszystkich, którzy chcieli pracować dla Rzeczypospolitej i stworzyć z niej państwo silne i sprawne. W pierwszej części swego dzieła Zamoyski rozważa szczegółowo zadania i obowiązki senatora, w części drugiej zaś porusza zagadnienie senatu – o jego działalności, znaczeniu i powadze. Zamoyski w pracy nad swoim dziełem korzystał obficie ze źródeł antycznych i odwoływał się również do pracy i doświadczenia prawniczego swego mistrza Sygoniusza. Praca Zamoyskiego uważana była za jeden z pierwszych traktatów o senacie rzymskim opracowanych ze starannością i znajomością źródeł [1]. Dla nas, po wielu wiekach, czytających takie opinie oznacza to, że autor był znawcą antyku i prawdziwym renesansowym humanistą.
Zdolności Zamoyskiego przejawiły się również w funkcjach, które pełnił na uniwersytecie i dzięki którym został na nim zapamiętany i doceniony. Niedługo po swoim przybyciu do Padwy został wybrany na „koncyliarza nacji polskiej” [2]. Oznaczało to, że reprezentował on wszystkich Polaków przed władzami uniwersytetu. Jakiś czas później objął też stanowisko rektora studentów prawa. W momencie obejmowania tego niezwykle odpowiedzialnego urzędu miał zaledwie 21 lat. Powierzenie tej funkcji tak młodemu człowiekowi, cudzoziemcowi, świadczyło nie tylko o jego rozległej wiedzy prawniczej, ale przede wszystkim o jego umiejętności zjednywania sobie ludzi, budowania relacji i przede wszystkim o jego odpowiedzialności za powierzone zadania. Na tablicach pamiątkowych na uniwersytecie padewskim umieszczono pochwałę dla Zamoyskiego – rectori meritissimo [3].
W Padwie Zamoyski był oczarowany dziełami i dokonaniami starożytnych twórców w szczególności Arystotelesa i Cycerona. Brał udział w wielu naukowych dysputach, zdobywając doświadczenie jako mówca i publicysta. Kiedy w Zamościu ufundował Akademię, chciał, żeby przypominała w miarę możliwości uczelnię padewską. Dlatego w programie studiów tej szkoły znalazły się przedmioty, dzieła i autorzy, których Zamoyski z zapałem uczył się, czytał i studiował w młodości. Kiedy po studiach wracał do kraju z doktoratem utriusque iuris [4] , z listem i rekomendacją do króla Zygmunta Augusta, miał wtedy 23 lata. Tyle, ile dzisiaj absolwent wyższej uczelni stojący przed wyborem dalszej drogi. Już jako dorosły mężczyzna Zamoyski mawiał “Patavium virum me fecit” [5].
